فرزند امیر المؤمنین «ع» و برادر سید الشهدا «ع».مادرش خوله، دختر جعفر بن قیس ملقب به حنفیه بود.وی از دلیر مردان شیعه و در جنگ جمل علمدار سپاه علی «ع» بود.در جنگ نهروان هم حضور داشت.(1) در مدینه میزیست.هنگامی که سید الشهدا «ع» پس از امتناع از بیعت با یزید، قصد خروج از مدینه به سوی مکه را داشت، محمد حنفیه از کسانیبود که اصرار داشت ابا عبدالله «ع» نرود و پیشنهاد میکرد دور از نیروهای وابسته بهحکومت باشد.امام نیز اصرار خویش را بر رفتن به مکه به او گفت و در وصیتنامهای خطاب به محمد حنفیه، آن سخنان معروف خویش را (لم اخرج اشرا و لا بطرا…) نوشت.(2) در حادثه کربلا، همکاری نداشت.
دهخدا مینویسد: «بعد از شهادت امیر المؤمنین «ع» مانند سایر بنی هاشم گوشه گیر و منزوی بود.پس از یزید، مختار بن ابی عبیده او را امام خواند و به نام او بر عراق مستولی گردید.در سال 66 هجری عبدالله بن زبیر که خود مدعی خلافت بود، وی را به بیعت و متابعت خویش، اکراه میکرد و او تن در نمیداد… فرقه کیسانیه او را امام خویش دانند و گویند به جبل رضوی زنده باشد.»(3) وی در سال 81 در ایام عبد الملک در مدینه از دنیا رفت و در بقیع به خاک سپرده شد.(4)
1) سفینة البحار، ج 1، ص 319.
2) حیاة الامام الحسین، ج 2، ص 262.
3) لغت نامه، دهخدا. (کلمه ابن حنفیه).
4) مروج الذهب، ج 3، ص 116.