در زمان سلطه حزب بعث بر عراق، بروز مشکلات سیاسى میان ایران و عراق، سبب شد تا ایرانیان از مشارکت در بازسازى امور عتبات، باز بمانند.
آخرین هجوم و تخریب و ایجاد تغییرات در حرم امام حسین علیه‌السلام و ابو الفضل العبّاس علیه السلام، در حکومت بعثىها، در شعبان 1412 (مارس 1991 میلادى)، در انتفاضه و قیام مردم علیه حکومت بعثى اتّفاق افتاد و چندین روز متوالى در شهرهاى شیعه در جنوب عراق، بویژه شهرهاى مقدّس کربلا و نجف، میان نیروهاى بعثى و مردم، درگیرى وجود داشت. در کربلا، بسیارى از مردم در خانههاى میان حرم امام حسین علیه‌السلام و حرم عبّاس علیه السلام، پنهان شده بودند. زمانى که بعثىها غلبه کردند، تمام این محلّه و بازار میان آن (موسوم به بازار بینُ الحَرَمین) را تخریب و فضاى میان دو حرم را کاملًا مسطّح نمودند؛ جایى که اکنون، آن را «بین الحرمین» مىنامند.
همچنین نیروهاى بعثى پس از سرکوبى قیام مردم در کربلا، پناهندگان به هر دو حرم شریف را به گلوله بستند و عدّه فراوانى را در کنار ضریح مطهّر امام حسین علیه السلام، به شهادت رساندند. در حمله بعثىها، خسارات فراوانى به هر دو بارگاه، وارد شد و از جمله، گنبدهاى هر دو مزار، بر اثر اصابت گلوله توپ، آسیب دیدند. البته دولت وقت عراق، اندکى بعد، به پاکسازى هر دو حرم و جبران آسیبهاى وارد
شده به آنها پرداخت.
با سقوط حکومت صدام در فروردین 1382 (صفر 1424/ آوریل 2003 م)، بار دیگر، روابط میان دو کشور ایران و عراق، برقرار شده و شیعیان ایرانى، فرصتى براى مشارکت فعّال در بازسازى این عتبات مقدّس، به دست آوردهاند. آنچه تا کنون توسّط «دیوان وقف شیعى» عراق و با کمک جوامع و مراجع شیعه و بویژه ایرانیان انجام شده، بیشتر، تعمیرات بوده است. همچنین از سال 1385 شمسى، ساخت ضریح جدیدى براى مرقد امام حسین علیه‌السلام توسّط هنرمندان ایرانى، آغاز شده است.
