اولین بار بنی اسد پس از دفن اجساد شهدا و پیکر سید الشهدا، علامتی بر قبر نهادند.از اینکه توابین در سالهای 63 یا 64 بر سر قبر امام حسین میآمدند، میفهمیم که آن هنگام، آشنا و شناخته شده بوده است.بنا به تشویق اولیاء دین، مدفن آن حضرت از همان آغاز، مورد زیارت شیعه قرار گرفت، چه پنهانی و چه آشکار.
در زمان بنی امیه، قبهای بر قبر شریف ساخته شد و تا زمان هارون الرشید باقی بود.
وی قبر را خراب و محل آن را صاف کرد و درخت سدری را که (به نشانه قبر) در آنجا بود. قطع کرد.بار دیگر در زمان مامون ساخته شد.سپس در سال 236 و 237 هجری به دستور متوکل عباسی، قبر و خانههای اطراف آن خراب شد و به جای آن زراعت کردند و مانع رفت و آمد مردم شدند.باز هم در سال 247 به دستور متوکل قبر را خراب کردند و چندین نوبت دیگر این تخریب انجام گرفت.بنای فعلی مرقد و حرم سید الشهدا به قرن هشتم هجری برمیگردد.البته بارها مرمتها و اضافاتی انجام گرفته است.در سال1216 هجری وهابیها با سپاهی از منطقه نجد حمله کرده و حرم حسینی را غارت و تخریب کردند و اسبها را در صحن مطهر بستند. در سال 1221 ق نیز حمله دیگری کردند.(1) حمله ای هم در زمان سلطان عبدالحمید (سال 1258) به دست نجیب پاشا انجام شده است.(2)
1) اعیان الشیعه، ج 1، ص 629.
2) شهداء الفضیله، ص 303 و 603.